Μάρκου Μπότσαρη 20
H κυρίως έδρα του ΠΑΚΕΘΡΑ βρίσκεται επί της οδού Μάρκου Μπότσαρη 20, σε ένα ιδιόκτητο τριώροφο διατηρητέο κτήριο του 1903, κατηγορίας Α΄, στη συνοικία Αγίου Γεωργίου-Αγίου Βλασίου. Αποκτήθηκε το 2001 με εξ ολοκλήρου χορηγία του πολιτιστικού ιδρύματος Α.Γ. Λεβέντη, με τη συνδρομή της Ελληνικής Εταιρείας για την Προστασία του Περιβάλλοντος και της Πολιτιστικής Κληρονομιάς. Το 2012 ολοκληρώθηκε η ανακαίνισή του (που έγινε σταδιακά με βάση τους διαθέσιμους πόρους).
Στάλιου 13
Το κτήριο επί της οδού Στάλιου 13 υπήρξε για το διάστημα 2006-2008 προσωρινή έδρα του ΠΑΚΕΘΡΑ. Είναι ένα διατηρητέο κτήριο, κατηγορίας Α΄, από τα περισσότερο φωτογραφημένα οικοδομήματα της Παλιάς Πόλης, στη συνοικία Μητροπόλεως. Έκτοτε χρησιμοποιείται κάθε χρόνο από το ΠΑΚΕΘΡΑ, κατά τη διάρκεια των Γιορτών Παλιάς Πόλης (τέλη Αυγούστου-αρχές Σεπτεμβρίου).
Αντίκα 14
Το διατηρητέο κτήριο κατηγορίας Α’, επί της οδού Αντίκα 14, υπήρξε από το 1993 έως το 2005 η πρώτη έδρα του ΠΑΚΕΘΡΑ. Αποκαταστάθηκε με μελέτες και προσωπική εργασία μελών του Κέντρου. Κυριότερος χορηγός της εκ βάθρων σχεδόν αναστήλωσης υπήρξε η Εταιρεία Μηχανική Α.Ε.